Дихальна система щодня контактує з безліччю різних патогенів. Під час вдиху в організм потрапляють віруси, бактерії, частинки пилу та дрібнодисперсні забруднювачі. Усі ці речовини чужорідні для органів людини і можуть призводити до різних інфекційних захворювань та дихальних порушень, якщо альвеоли забруднюються твердими частинками. Саме тому дихальна система «оснащена» кількома захисними механізмами, які дозволяють своєчасно виявити патоген, що потрапив всередину, і прибрати його з дихальних шляхів. Якщо захист дає збій і організм не може впоратися з інфекцією, йому необхідно допомогти медикаментозно. Так, добре відомі відхаркувальні препарати (Амброксол, Синупрет, сироп подорожника) допомагають епітелію бронхів виконувати свої захисні функції шляхом полегшення виведення мокротиння. 
Виділяють три основні механізми захисту в дихальній системі:
- Слизовий шар. Поверхню бронхів зсередини покриває тонкий шар постійно секретованого слизу. Він оберігає слизову оболонку від пересихання і можливих пошкоджень твердими частинками. При цьому бактерії та віруси, занурюючись у слиз, деякий час не можуть проникнути в клітини та почати розмножуватися. Це дає організму час на евакуацію патологічного вмісту.
- Війковий епітелій. Особливі структури в клітинах слизової (війки) покривають її поверхню. Їх робота забезпечує мукоциліарний кліренс — просування слизу вгору дихальними шляхами в ротоглотку.
- Альвеолярні макрофаги. Вони розташовані в альвеолах, позбавлених перелічених вище захисних механізмів. Якщо інфекція опускається вниз, минаючи бронхи, і опиняється в альвеолі, альвеолярні макрофаги захоплюють збудника і вбивають його.
Перелічені механізми забезпечують місцевий імунітет у легенях. Таким чином, вдихання шкідливих частинок може тривалий час не призводити до патології. Якщо ж якесь порушення все ж відбувається, підключається додатковий механізм — кашель. Він потрібен, щоб екстрено вивести із бронхів слиз із великою кількістю патогенів. Його секретується більше у відповідь на подразнення, і кашльові поштовхи допомагають швидко видалити його назовні.
Наслідки порушень у роботі захисних систем
Якщо організму не вдається видалити з бронхіального дерева інфекцію, що потрапила, розвивається патологічний процес:
- трахеїт — при запаленні тканин трахеї;
- бронхіт;
- бронхопневмонія — якщо задіяні тканини бронхів та легені;
- пневмонія.
Ці стани вимагають обов'язкового лікування, оскільки власних сил організму не вистачає для боротьби зі збудниками. У такому випадку призначають антибіотики (якщо підтверджено бактеріальну етіологію), муколітики, відхаркувальні та протизапальні засоби. Комплексну терапію призначає лікар — до нього слід звернутися за перших симптомів захворювання.